Octave,R,Perl: 2008年11月アーカイブ

こんどはCentOS 5.2に統計ソフトRをインストールしたときの話。

yumはすでに入っているとする。

http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/linux/redhat/

まずはRをとってくる。

そして、とりあえずrpmしてみる。

そうすると依存性の問題がいろいろ表示されるはず。
自分の場合は以下のように。

上記４つをひとつづつ解決していく。

で、cupsとやらはOK。
次はlibXmu.so.6というやつ。

とやればOKだった。
次、libgfortran.so.1

で、できました。
次、libtk8.4.so。

で、できた。

これでできるかな？と思って、先ほどwgetしてきたRのrpmファイルをyumしてみた。

そうしたらGPGキーに関するエラーで。

GPGキーのことはよくわからないので、rpmをする。

こうしたらインストールできたみたい。

「R」と打ったら見事Rが起動した。

CentOS 5.2では、インストールしただけではyumが使えないのかもしれない。
yumをインストールする手順を書きます。

環境は以下。
OS: CentOS release 5.2
CPU: x86_64

まず、yumをインストールするためのrpmパッケージを探す。
www.centos.org - centos.org content
この中からJAPANの配信元を探す。
Japan A.T. WORKS, Inc.
Japan Internet Initiative Japan Inc.
Japan JAIST
Japan KDDI R&D Laboratories Inc.
が、ある。
で、「5.2」で「updates」で「x86_64」で「RPMS」とリンクを辿る。
わからなければここ。
http://ftp2.riken.jp/Linux/centos/5.2/updates/x86_64/RPMS/

そのなかから、「yum-3.2.8-9.el5.centos.2.1.noarch.rpm」のリンクを探す。

そのアドレスを入力してwgetして、rpmでインストールする。

ところが、たぶんそれだとうまくいかない。
wgetでファイルの取得はできるだろうけど、rpmは依存性の問題がいろいろ出てくる。

具体的には、次のようになった。

というわけで、yumをrpmする前にこれらの依存性を解決しなければならない。
詳しく書くのはめんどくさいので、実行して成功したコマンドだけ。
ひとつひとつgoogleで検索しながらやった。

ここまでやればyumをインストールできる。

yumが入ったら、早速yumでyum-fastestmirrorをインストールしてみる。

すでにインストールされてるよ！とかでるかもしれないけど、
とりあえずyumが動くことを確認できる。

とやって、yumを更新すると、ずらずらずらっといろいろ更新される。

レンタルサーバ（root権付き）にsshで接続して、Octaveをインストールした。
わりと苦労したのでここに記す。

サーバーの環境は以下。
My Environment:
- OS: CentOS release 5.2
- CPU: x86_64




If you extend your "yum", you can intstall octave without manual compile. What you should do is to add Fedora EPEL repository and RPMforge repository to your system.

yumでoctaveをインストールするために、
Fedora EPELリポジトリとRPMforgeリポジトリを追加します。
両方必要かどうかはわからないけど、RPMforgeだけでは無理だった。

:::Fedora EPEL reposiroty
:::RPMforge repository

Reference:
- Linux/CentOS yumの設定 - PukiWiki Plus!
- CentOS 5 インストール個人的ノート



Next, install compilers which are necessary for install octave.
Please "yum" these.

Octaveをインストールするのに必要なコンパイラ群をインストールします。

And other necesary packages.
ほかに必要なパッケージもyumします。

Reference:
- GNU Octave 2.9のコンパイルとインストール(Linux)



Third, resolve direct dependencies for octave.
今度はoctaveと直接依存性のあるファイルをyumでインストールします。




Finally, install Octave by yum.
最後に、yumでOctaveをインストールします。



The dependency problem of lacking hdf5 will be solved automatically.
(hdf5 version 1.6.7 will be installed though current latest version is 1.8.1)



Octaveをインストールする前にhdf5もyumでインストールしたのだが、
そうすると

Error: Missing Dependency: libhdf5.so.0()(64bit) is needed by package octave


というエラーがでた。
そこでこのhdf5をアンインストールして（yum remove hdf5）、
yum install octave.x86_64としてみたら、
hdf5の依存性は自動的に解決してくれた。
どうもhdf5のバージョンによってoctaveがうまくインストールできるときと
できないときがあるようだった。

First, I installed hdf5 before install octave.
But when I install octave, an error below was appeared.
"Error: Missing Dependency: libhdf5.so.0()(64bit) is needed by package octave"
So I delete hdf5(yum remove hdf5) and tried again to do "yum install octave".
Then I succeeded to install octave.
I wonder there is suitable version of hdf5 for octave.
It's not the latest version.

オクターブの使い方であやふやなままにしているのが、
ファイルをオープンしてその中のデータを
ベクトル、あるいは行列として格納しなおすあたり。

このページを読んだら勉強になった。
Octaveでfileを利用する話

やはりOctaveは文字列の処理があまり得意ではないので、
文字列と数値が混在するファイルだと、
読み込みのスクリプトは煩雑になる。

Perlなどのテキスト処理が容易な言語で、
読み込みたいデータをいったん前処理してから
Octaveに渡すのがいいと思う。

Octave本家のヘルプ：
GNU Octave: 16.2 Cスタイルの入出力関数

＊　＊　＊
過去の日記より

2007/10/21　日曜日 メモ　octave
2007/10/21　日曜日 メモ octaveに関するもの